V roku 1383 bolo dedičstvo po kráľovi Ľudvíkovi - panujúcim nad Poľskom i Uhorskom, a teda aj Košicami - rozdelené. Uhorský trón patril jeho dcére Márii a poľský jeho druhej dcére - Hedvige, ktorá bola manželkou Ladislava Jagellovského. Po krátom jednoročnom vládnutí kráľa Karola II. nastúpil na uhorský trón cisár Žigmund, syn niekdajšieho českého kráľa Karola IV. (1316 - 1378) a brat českého kráľa Václava IV. Žigmund sa často zdržiaval v Košiciach, pretože bol vášnivým poľovníkom a Košice patrili medzi jeho verné mestá.
Košice boli v roku 1412 miestom konania súdu medzi poľským kráľom a radom nemeckých rytierov. V roku 1415 sa zástupcovia mesta zúčastnili i snemu v Kostnici, kde bol odsúdený a upálený majster Ján Hus. V roku 1430 Košice postihol mor. Uhorsku vládol kráľ Albert, ktorý bol zaťom Žigmunda, manželom jeho dcéry Alžbety. Po jeho smrti boli uznané slovenské župy s výnimkou Hontianskej, Novohradskej a Nemcov. Uhorským kráľom sa podľa nástupníckeho kráľa mal stať Albrechtov syn Ladislav. Problém bol v tom, že sa narodil až po otcovej smrti a bol ešte len batoľa. Preto bol tiež volaný Ladislav Pohrobok.
Maďari si zvolili za uhorského kráľa poľského kráľa Vladislava III. To pobúrilo kráľovnú Alžbetu. Mala záujem, aby jej syn neprišiel o nástupnícke právo a tak v roku 1441 povolala do Uhorska Jána Jiskru z Brandýsa, ktorý tu prišiel na čele vojska, aby chránil záujmy jej syna.
Ján Jiskra pochádzal z bratríckych vojsk, z ľudí, ktorí bojovali pod velením Jána Žižku proti nemecko-maďarskej invázii a cirkevnému zdieraniu českého národa. Po bitke pri Lipanoch, kde boli hustiti porazení, tieto vojská bojovali už len v menších bojoch a boli prakticky odsúdené na zánik. Ich vojaci už zabudli na svoje civilné povolania, stali sa z nich profesionálni žoldnieri. Tak aj Ján Jiskra zhromaždil okolo seba niekdajších táboritov a sirotkov (ľudí z niekdajšej armády Jána Žižku). Opäť vytvoril armádu, aká veľakrát porazila nemeckých križiakov. I keď vojsko bplo zložené z ľudí, ktorí v minulosti bojovali za ideály, teraz mali cieľ iný. Tu išli bojovať za žold, v mene záujmu kráľovskej dynastie, ktorá mala korene v rode ich niekdajšieho nepriateľa - Žigmunda Luxemburského. V tomto boji bola ich najväčším nepriateľom armáda Jána Huňadyho, ktorá obhajovala práva Vladislava III.
Medzi strategické ťahy Jána Jiskru patrilo oládnutie kremnickej mincovne, ktorá razila kvalitné dukáty, čo mu i jeho vojsku, zabezpečovalo vcelku dobrú stabilitu. Platil "poctive a dochviľne a dával na kone a na štvrť roka trinásť, na pešieho polsiedma zlatých". Do jeho vojska sa nahlasovali aj Slováci, Rusíni, ba ja Nemci, Poliaci a Maďari. Ján Jiskra bol už v roku 1441 najvyššín hajtmanom kráľa Ladislava Pohrobka a vďaka úspešným bojom ovládal krajinu od Váhu až po Tatry. Za svoje sídlo si zvolil Košice, v listinách sa písal ako "pán Košíc". Toto mesto sa stalo jeho centrom, odtiaľ podnikal mnohé bojové výpravy proti Maďarom a Poliakom. Zachoval sa napríklad list z roku 1441, odoslaný od pražského arcibiskupa Mikuláša z Viedne pánovi Oldřichovi z Ružomberka: "Jiskra z Košíc ve dvú nedelí porazil jich také dobre Polákov a Uhróv." V roku 1442 porazil pri Košiciach maďarsko-poľské vojsko vedené Perényim a českým pánom Čapkom.
O dva roky nato poľsko-uhorský kráľ Vladislav III. padol pri Varne v boji proti Turkom. Maďari teda akceptovali za kráľa Ladislava Pohrobka. Táto udalosť bola sprevádzná jednou zvláštnou skutočnosťou. Krajinským správcom sa stal ten istý Ján Hunyadi, ktorý stál v čele vojsk bojujúcich práve proti Ladislavovým vojskám.
Severné župy a mesto Košice však ostali pod Jánom Jiskrom, ktorý sa stal šarišským veľžupanom. Naviac odmietol vydať svoje hrady na území dnešného západného a stredného Slovenska. Naďalej bojoval s Maďarmi, ktorí sa usilovali o získanie týchto majetkov a elimináciu Jiskrovej moci. V roku 1449 dve míle severne od Košíc porazil maďarské vojsko. Preto bol v januári 1450 zvolaný do Budína snem, na ktorom uzatvorili mier. Jiskrovi ostali Košice, Prešov, Bardejov, Kremnica, Banská Bystrica a Banská Štiavnica. Mier netrval dlho. V ďalších bojoch medzi Jánom Hunyadim a Jánom Jiskrom došlo k slávnej bitke pri Lučenci, v ktorej 7. septembra 1451 víťazne obstál Ján Jiskra. Ďaší mier uzatvorili v Rimavskej Sobote. Maďarom Jiskra nevyhovoval a neustále ho očierňovali pred Ladislavom Pohrobkom, ktorý ho v roku 1453 prepustil zo svojich služieb.
V obhajobe kráľovských nástupníckych práv po boku Jána Jiskru bojoval Peter Aksamit, ktorý bol viac naklonený pôvodným husitským myšlienkam. Ten ešte v roku 1448 vytvoril v hornom Uhorsku vojenský spolok "Bratríci". Od čias vzniku tohto spolku naďalej pomáhal Jiskrovi, ale "Bratríci" tvorili akúsi samostatnú spoločnosť. Po prepustení zo služieb, odišiel Ján Jiskra do zahraničia. "Bratríci" teda stratili v kráľovskom vojsku spojenca a keď im Ladislav Pohrobok prikázal vydať obsadené zeme na Spiši a v iných častiach horného Uhorska, postavili sa mu vojensky. Maďarské vojská utrpeli niekoľko ďalších porážok. V roku 1458 zomrel kráľ Ladislav Pohrobok a na trón Maďari uviedli Mateja I., syna Jána Hunyadiho. Ten proti "Bratríkom" postavil novú križiacku výpravu. Do jej radov povolal aj vojensky neškolený ľud a na jej čelo postavil maďarských vodcov Sebastiana Rozgonyiho a biskupa Ladislava Héderváriho. Medzi radovými žoldniermi bolo aj veľa Košičanov. Po mnohých krvavých bojoch došlo k bitke pri Šarišskom Potoku (dnes Sárospatak v Maďarsku), kde boli "Bratríci" porazení.
V tom istom roku v pruskom Kráľovci Ján Jiskra sprostredkoval mier medzi poľským kráľom a nemeckými križiakmi a na jar 1459 sa vrátil na územie dnešného Slovenska. Vojensky sa postavil kráľovi Matejovi, opäť ako obhájca nárokov na trón kráľovny Alžbety. Zároveň likvidoval posledné strediská "Bratríkov", ktorí sa odmietali podrobiť akejkoľvek moci a autorite. Vojny s kráľom matejom sa však vzdal už po trojročných bojoch, za čo mu Maďari darovali hrady Lipavu a Šolmoš v aradskej župe a magnátsku hodnosť. Tým sa jeho 22 ročné pôsobenie na Slovensku skončilo.
